融合基因研究 Panel
产品介绍
Target Cap® Solid Tumor Fusion RNA-Cap Panel依托伯科高通量核酸合成以及自主知识产权的生物素修饰技术，整合实体瘤常见融合相关95个基因设计靶向捕获Panel。Target Cap® Solid Tumor Fusion RNA-Cap Panel采用跨Exon-Exon的方式，对目标转录本设计多重叠瓦排布探针，显著提高融合检出能力，还可用于检测基因可变剪切情况以及转录本的表达量等。该Panel涵盖DNA污染监控、外参、内参模块以及可变剪接和融合型共覆盖约200Kb编码区域。该Panel表现优异，覆盖均一性好，检测灵敏度高。
产品优势
- 高效检出融合基因
- DNA/RNA共捕获
有效解决DNA层面对融合基因捕获的假阴性问题
- 个性化Spike-in
包含3个内参基因，提供ERCC模块
灵活添加多种捕获区域
- 支持变体检测
如EGFR、MET等
参数
- 参考基因组：GRCh38/hg38
- 基因数：98
- 目标区域范围：~250Kb转录本区域
- 探针属性：SSDNA
- 探针长度：120nt
部分基因展示
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覆盖基因展示
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|||||
|---|---|---|---|---|---|
|
ALK
|
ROS1
|
RET
|
MET
|
BRAF
|
KRAS
|
|
PIK3CA
|
EGFR
|
NTRK1
|
FGFR2
|
NRAS
|
TERT
|
RNA-Cap与DNA-Cap、qPCR的性能比较
RNA-Cap与DNA-Cap、qPCR的性能比较。对1个阴性对照（Test-1）与7个FFPE样品（Test2~8）的融合基因进行DNA捕获测序（DNA-Cap）、目标RNA捕获测序（RNA-Cap）、qPCR实验，结果RNA-Cap与qPCR有较高的一致性。部分DNA-Cap检测阴性的结果，RNA-Cap可以检测到，结果同qPCR一致。
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Sample ID
|
5′ Partner
|
3′ Partner
|
DNA-Cap
|
RNA-Cap
|
qPCR
|
DV>30%
|
Ct Value
|
RIN
|
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
Test-1#
|
–
|
–
|
–
|
–
|
–
|
✔
|
N/A
|
N/A
|
|
Test-2#
|
EML4
|
ALK
|
＋
|
＋
|
＋
|
✔
|
33
|
2.0~3.0
|
|
Test-3#
|
EML4
|
ALK
|
–
|
＋
|
＋
|
✔
|
31
|
2.0~3.0
|
|
Test-4#
|
EML4
|
ALK
|
–
|
＋
|
＋
|
✔
|
30
|
2.0~3.0
|
|
Test-5#
|
EML4
|
ALK
|
＋
|
–
|
＋
|
❌
|
32
|
2.0~3.0
|
|
Test-6#
|
CCDC6
|
RET
|
＋
|
＋
|
＋
|
✔
|
N/A
|
N/A
|
|
Test-7#
|
KIF5B
|
RET
|
＋
|
＋
|
＋
|
✔
|
N/A
|
N/A
|
|
Test-8#
|
CD74
|
ROS1
|
＋
|
＋
|
＋
|
✔
|
N/A
|
N/A
|
DNA-Cap和RNA-Cap共捕获。DNA&RNA共捕获相比于单独使用DNA-Cap融合基因检测灵敏度更高。
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Sample/Fusion
|
DNA-Cap
|
qPCR(RNA)
|
DNA&RNA-Cap
|
|---|---|---|---|
|
1#/ALK
|
❌
|
✔
|
✔
|
|
2#/ALK
|
❌
|
✔
|
✔
|
|
3#/ALK
|
✔
|
✔
|
✔
|
|
4#/ALK
|
✔
|
✔
|
✔
|
|
5#/ALK
|
✔
|
✔
|
✔
|
|
6#/ALK
|
✔
|
✔
|
✔
|
|
7#/Negative
|
–
|
–
|
–
|
RNA-Cap与Total RNA-Seq比较
基因表达相关性。在基因表达量分析方面，RNA-Cap与RNA-seq高度相关。
图1. 展示RNA-Cap与RNA-seq高度相关性
图2. Exon、Intron、Introgenic占比。基于独特的转录本探针设计，
RNA-Cap Exon占比显著高于Total RNA-Seq。
Panel数据表现
伯科生物Target Cap® Solid Tumor Fusion RNA-Cap Panel在中靶率和目标区域覆盖度这两个参数中，均有不俗的表现；针对转录本的覆盖度也呈现较高均一性。
图3. 为Panel质控参数展示。对3个FFPE肿瘤融合标准品和3个FFPE
肿瘤野生型标准品进行Target Cap® Solid Tumor Fusion RNA-Cap Panel
捕获后测序，利用MGISEQ-2000测序仪，测序约4G原始数据，
捕获效率中靶率(On Target base)平均值在67%，覆盖度在99.9%。
图4. 展示转录本覆盖均一性。对3个FFPE
肿瘤融合标准品和3个FFPE肿瘤野生型
标准品进行捕获后测序，除去转录本的5’端
与3’端降解，其他位置的覆盖度呈现出
较高的均一性。
融合基因检测
对3个FFPE肿瘤融合标准品和3个FFPE肿瘤野生型标准品进行RNA-Cap、Total RNA-Seq比较，融合标品携带的7种融合变异，RNA-Cap全部检出，Total RNA-Seq有3种未检出。同时，野生型标品均未检出，RNA-Cap展示出极佳的灵敏度和特异性。此外经典融合表达上升现象也能够被检测到。
融合标品(Rep 1/2/3)
|
Fusion
|
Total RNA-Seq(~36Gb)
|
RNA-Cap(0.1Gb)
|
|---|---|---|
|
EML4-ALK
|
0/0/3
|
7/11/7
|
|
CCDC6-RET
|
0/0/0
|
10/12/13
|
|
SLC34A2-ROS1
|
6/17/21
|
62/43/47
|
|
TPM3-NTRK1
|
1/4/6
|
22/13/15
|
|
MET Exon14 Skipping
|
14/13/16
|
36/49/59
|
|
ETV6-NTRK3
|
12/17/5
|
43/42/44
|
|
CD74-ROS1
|
3/6/5
|
45/35/25
|
野生型标品(Rep 1/2/3)
|
Fusion
|
Total RNA-Seq(~38Gb)
|
RNA-Cap(0.1Gb)
|
|---|---|---|
|
EML4-ALK
|
0/0/0
|
0/0/0
|
|
CCDC6-RET
|
0/0/0
|
0/0/0
|
|
SLC34A2-ROS1
|
0/0/0
|
0/0/0
|
|
TPM3-NTRK1
|
0/0/0
|
0/0/0
|
|
MET Exon14 Skipping
|
0/0/0
|
0/0/0
|
|
ETV6-NTRK3
|
0/0/0
|
0/0/0
|
|
CD74-ROS1
|
0/0/0
|
0/0/0
|
联系伯科
电话：0510-68108516
邮箱： info@bokebiotech.com
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类别
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产品
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反应数
|
货号
|
体积
|
存储温度
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说明
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|---|---|---|---|---|---|---|
|
肿瘤融合基因 Panel
|
Target Cap® Solid Tumor Fusion RNA-Cap Panel
|
96 rxn
|
PD00696
|
–
|
–
|
95个融合基因+3个内参基因
|