JAHA|效率倍增，基因筛查有助于杂合子型家族性高胆固醇血症(FH)的诊治
- boke
- 2022-07-07
- 7:21 上午
伯科TargetCap® Hybridization and Wash Kit(Cat#: TC0023)包含7种组分，其中5种是Wash Buffer储液(2x/10x), 但每次捕获实验都需要将其配制为工作液(1x Wash Buffer)，操作起来比较复杂，相信实验小伙伴都深有体会。
图1 伯科TargetCap® Hybridization and Wash Kit组分
Wash Buffer的化学性质都较为稳定，如果可以一次性配制大量1x Wash Buffer，保存在4℃或常温条件下，每次捕获实验取一部分直接使用，就省去繁琐的洗液配制过程，能够有效简化捕获实验，提高工作效率。
为此，我们测试了1x Wash Buffer在不同温度和时间条件下保存的稳定性，实验设计如图2所示，将5种Wash Buffer配置为工作液，分别保存在4℃和常温条件下，在7天或14天后进行液相基因芯片捕获，每种条件3个捕获重复，然后NGS测序并分析捕获数据，检测保存条件对1x Wash Buffer的影响。
图2 1x Wash Buffer保存测试的实验设计
在得到捕获测序数据后，取1000x理论深度数据进行数据分析统计。如下表所示，从比对率、碱基质量、GC含量、测序深度到特异性和覆盖均一性来看，1x Wash Buffer的4种保存条件的捕获数据与对照无明显差别，所有实验组的捕获均表现出优异的特异性与均一性。
实验重复间的稳定性良好(CV)，保存条件测试的稳定性与对照相近。其中，4℃保存与对照组的所有参数的CV均控制在1%以内(除Duplication外，其绝对值较低，可忽略其波动)，保持着非常稳定的捕获表现。室温保存组的部分参数的CV值有轻微增加(Q20、GC、Depth、On-Target)。
表1 1x Wash Buffer在不同条件下保存的捕获数据表现
整体来看，不论是4℃还是室温保存，1x Wash Buffer均较为稳定，各项参数表现与对照相似，无明显差异。1x Wash Buffer的化学性质较为稳定，其表现与预期一致。室温保存的1x Wash Buffer的部分捕获参数稳定性略微低于4℃保存条件和对照组，因此，我们推荐1x Wash Buffer在4℃条件下保存7天以内。有需要的小伙伴可以根据上述测试结果开展相应的验证工作。
