用户测评|伯科生物全外显子芯片v3.0（四）
2021-09-29
随着生命科学与生物技术的快速发展，藏在基因序列的秘密正在被逐步探索。全基因组重测序能挖掘到样本在全基因组范围的大部分遗传变异，但非编码区约占基因组区域的70-80%，外显子捕获测序能够帮助研究人员将注意力与资源集中在基因组编码区。尽管有一些基因的调控因子位于非编码区，但综合考虑数据测序成本、数据存储成本、数据分析时长等因素，全外显子捕获后测序仍是目前最具性价比的测序手段。
本文主要展示伯科生物不同批次全外显子芯片TargetCap® Core Exome Panel v3.0（下文简称伯科v3.0）及配套试剂的数据表现，以及与友商I** v1的体细胞突变检测比较。
测评简介
01 全外芯片
三批次伯科v3.0芯片及配套试剂、友商I** v1
02 测评过程
通过平行干、湿实验，测试三批次全外芯片数据表现
03 测评单位
所有实验均由第三方机构独立完成
04 测评方案
测试样本采用gDNA，杂交方式为单样本或多样本混合、过夜杂交
05 测序平台
Illumina测序平台
06 测评结论
伯科v3.0与友商I** v1无明显差异，三批次表现稳定。
实验设计
本次测试共计14例样本，其中低质量样本6例，高质量样本8例。使用友商I** v1作为参考（使用39Mb目标区域bed进行统计分析），分别测试伯科v3.0全外芯片在不同质量样本中单样本杂交（1-Plex）和多样本杂交（6/8-Plex）的数据表现，以及不同批次试剂在不同质量样本中的稳定性（6/8-Plex）。
图1.测评实验流程图
测评结果
如图2所示，在低质量样本中，两款芯片的测序质量Q20、中靶率On-Target和覆盖均一性0.2x Mean参数出现轻微波动；同样，高质量样本也呈现相同的趋势，其中，伯科v3.0的覆盖均一性相对更稳定。上述结果提示，在FFPE等DNA质量较低的样本捕获时，可减少pooling杂交数量，以提升捕获数据质量。
图2. 伯科v3.0在不同质量样本中的单杂和多杂表现
按照总样本、低质量样本和高质量样本分类，统计不同参数的平均值。如图3所示，不论是在低质量还是高质量样本中，伯科v3.0在Q20、Mapping、On-Target、Coverage和0.2x Mean参数上，批次表现稳定。
图3. 伯科v3.0三批次试剂的捕获表现
按照单个样本为单位，进一步统计每个样本在不同批次试剂捕获中的表现。如图4所示，伯科v3.0不同批次试剂的各个参数仍然表现稳定。均一性0.2x Mean在低质量样本中出现零星波动，可能与本次评估使用较少的数据量有关，不过也是再一次提示，低质量样本的pooling杂交数量不宜过多。
图4. 不同样本的三批次试剂表现
在评估数据表现的同时，其他第三方机构也对伯科v3.0的体细胞突变检测能力进行了平行测试，出于保护用户数据考虑，这里只展示部分数据。如图5所示，分别使用伯科v3.0及配套试剂和友商I** v1对gDNA标准品进行捕获测序，在测序220X平均深度条件下，两款全外芯片对等位基因频率≥3.0%的SNV变异检出无明显差异。
图5. 伯科v3.0和I** v1对gDNA标准品突变检测结果
综上所述，伯科v3.0全外显子芯片及配套试剂的性能优异，批次稳定，得到了用户的充分肯定。伯科生物生产的高品质长链ssDNA探针，具有纯度高、背景低、拷贝数稳定（无扩增、转录等后处理过程）等优势；全流程国产化全外显子液相基因芯片TargetCap® Core Exome Panel v3.0由高品质120nt ssDNA探针组成，采用多项伯科生物自主研发的核心技术开发，配备完善的质控体系。伯科人将继续努力，精益求精，持续为用户创造价值。
图6. 伯科生物高品质探针的生产工艺特点
