RNA病毒捕获整体解决方案

应用背景

在新型冠状病毒肆虐的疫情中,高通量测序技术在病毒检测、毒株溯源,检测试剂和疫苗的研发等方面发挥了重要作用。高通量测序技术在病毒检测领域的应用,面临两个主要挑战:在感染初期,病毒载量低,相对于宿主背景,样本中病毒核酸比例极低。另一个挑战是病毒变异速度快,病毒序列短期内就有可能发生大量变异。如果采用mNGS对样本中的病毒进行直接测序,由于存在较高宿主背景,测序成本较高。PCR方法对病毒基因组富集存在偏向性,与扩增子测序相比,靶向基因捕获技术对目标病毒基因组具有富集效率高、扩展性好的优势。

伯科利用独有的探针合成技术,快速设计针对新型冠状病毒(2019-nCov)的RNA/DNA捕获试剂盒,高效捕获病毒RNA/DNA,缩短序列分析时间,降低测序成本同时提高序列分析的准确性,以便更好的进行病毒的变异监测、进化演变、致病力分析等。

Panel 设计概要

伯科2019-nCo Virus DNA/RNA Capture Panel参考已公开的5个2019-nCov病毒株序列,针对参考序列互补链,采用2X叠瓦设计[1],共506条经生物素修饰的120nt ssDNA探针,对现有2019-nCov病毒参考基因组序列的理论覆盖率为100%;可提供快速杂交Buffer(0.5小时)用于优化使用(普通/4小时),适用于MGI/Illumina NGS测序平台和Nanopore纳米孔测序平台。

Panel性能表现

  • 全面覆盖2019-nCov病毒株序列
  • 提供快速杂交Buffer,仅需30min
  • 个性化探针设计,适应序列变异
  • 仅需7个工作日,完成交付
  • 高质量生产标准,探针拷贝数均一
参数
  • 探针数量:506
  • 设计方式:针对参考序列互补链,采用2X叠瓦设计
  • 探针属性:ssDNA
  • 探针长度:120nt
  • 参考基因组:NC_045512 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome