Nature reviews | 克隆性造血与心血管疾病:预后价值及潜在治疗靶点

过去十年来,关于克隆性造血(CH)及其亚型(包括CHIP)的科学证据日益增多,呈爆炸式增长。尽管最初被认为仅仅是血液学现象,但过去十年的研究表明,潜能不明克隆性造血(CHIP)对健康负担的影响主要源于其与非恶性疾病的关联。人类研究表明,CHIP与常见心血管疾病,例如动脉粥样硬化性心血管疾病、心力衰竭和心律失常的发展和进展有关。同时,机制研究已经确定了多条通路导致CHIP相关的血管风险,通常与炎症和纤维化有关。

 

随着NGS测序技术的发展和分子检测方法的完善,持续研究CHIP作为预后指标和治疗靶点的基因特异性关联和机制,可能为心血管疾病的精准治疗开辟新途径。在这篇综述中,我们讨论了克隆性造血在各种心血管疾病中的预后意义,并探讨了其作为治疗靶点和精准医学应用的潜力。

 

      关 键 点      

• 克隆性造血是与年龄相关的突变造血干细胞的扩张;潜能不明克隆性造血(CHIP)是其主要亚型之一,传统上定义为存在髓系驱动突变等位基因频率≥2%的获得性体细胞突变。

 

• CHIP在年龄超过 70 岁的人群中检出率为 10-20%,被认为是血液恶性肿瘤的前兆,例如急性髓系白血病。

 

• 人体研究表明,CHIP相关的死亡,主要与非恶性疾病有关,比如心血管疾病,包括动脉粥样硬化性心血管疾病、心力衰竭和心律失常。

 

• 机制研究确定了几条通路,大多数与炎症或纤维化有关,可能与 CHIP 相关的心血管疾病有关。

 

• 流行病学和实验研究表明,CHIP 驱动基因之间存在差异,与 DNA 修复相关基因(如TP53PPM1D),或剪接体相关基因(如SF3B1SRSF2)通常与心血管疾病联系更紧密。

 

• 如何识别 CHIP 携带者并降低其心血管风险,目前仍不明确,并是正在进行研究的重点。

 

引言

心血管疾病 (CVDs) 影响全球超过5亿人,并是全球主要的致病和死亡原因。即使严格控制传统的危险因素,例如高血浆低密度脂蛋白胆固醇水平和高血压,仍存在残余心血管疾病风险。衰老是动脉粥样硬化性心血管疾病的强大危险因素。然而,衰老与CVDs之间的机制仍未完全理解。更好地了解生物衰老的分子机制,可能为预防和治疗老年人群心血管疾病提供新的策略。

 

生物衰老的基本驱动因素已被归类为一组细胞机制,有时也称为“衰老标志”,其中之一是基因组不稳定。随着人类年龄增长,由于内在因素(例如细胞分裂过程中的复制错误)或外在因素(例如辐射或化学物质的接触),不同组织的细胞会获得体细胞突变。这些突变主要发生在分裂速率高的组织的细胞中,而绝大多数影响心血管系统的体细胞突变发生在骨髓中,而不是心脏和血管组织。70 岁及以上人群中,过去十年来的数据表明,大约10%的人携带循环血液细胞中可通过NGS测序检测到的获得性单核苷酸变异 (SNVs) 或插入缺失 (InDels)(基因组中碱基的小插入或缺失),并且使用更灵敏的测序方法,可以识别出更多个体携带的其他变异。在这些个体中,通常情况下,大量血液细胞源于单一造血干细胞 (HSC) 祖细胞系,该系携带与白血病相关的变异,赋予其相对于非突变细胞的生长优势,从而导致突变HSC的克隆扩张。这种现象,称为克隆性造血,在过去十年左右已被认为与人类衰老和疾病有关。

 

在这篇综述中,我们将讨论克隆性造血作为CVD的潜在预后指标和治疗靶点的作用。首先,我们将描述克隆性造血的流行病学特征及其最常见的亚型,包括不明确潜在意义的克隆性造血(CHIP)。我们将总结流行病学和实验研究的证据,重点介绍CHIP在动脉粥样硬化、心力衰竭(HF)等心血管疾病的发病机制中的作用。最后,我们将提出针对CHIP个体预防和治疗心血管疾病的临床策略。

 

CH的流行病学和特征

健康年轻个体造血通常涉及多达20万个造血干细胞(HSCs)产生各种血细胞。就像其他健康的干细胞一样,HSCs会随着时间积累随机体细胞突变,通常被称为背景突变。这些突变不会使受影响的细胞获得适应性优势,但却保证了不同HSC的遗传差异。因此,在正常生理条件下,所有循环血细胞都来自基因型略有差异的各种HSC,这被称为多克隆造血。当单个HSC获得驱动突变时,这会使受影响的细胞更有优势,并导致大量血细胞从一个克隆中产生,正如在CH中观察到的那样(图1)。

图1. 髓系驱动基因突变驱动的克隆扩张的自然演变。多克隆造血是指所有血细胞都源自高达 200,000 个基因多样化的造血干细胞 (HSC) 池,这是年轻健康个体的正常状态。当造血干细胞 (HSC) 发生‘驱动基因突变’时,造血稳态就会被打破,导致该细胞获得生长优势并进行克隆扩张。随着这一现象的进展,个体可能会出现不明潜在意义的克隆造血 (CHIP;通常指髓系驱动基因突变等位基因频率 ≥2%,且无血细胞减少或发育不良),不明原因的克隆性细胞减少症 (CCUS;指相同的突变伴随血细胞减少,但无发育不良),或血液系统恶性肿瘤(例如急性髓系白血病;定义为病理证实的发育不良)。饼图显示了不同血细胞类型的基因构成比例。来自具有略微不同基因型的造血干细胞 (HSC),(由于这些细胞的随机‘背景突变’)的血细胞显示为灰色,而由带有‘驱动基因突变’的造血干细胞 (HSC) 单克隆衍生的血细胞显示为红色。


CH可以根据是否存在已知的驱动突变进行分类,并根据驱动突变的类型进一步细分(图2)。研究最多的CH驱动突变包括SNV和插入缺失(InDels)等小改变。当髓系白血病相关基因的SNV或InDel变异频率(VAF)达到2%以上,且没有其他血液疾病或血细胞减少症时,这被称为CHIP(有时也叫髓系CHIP)。类似的情况也出现在淋巴系白血病相关基因中,被称为淋巴系CHIP。虽然淋巴系CHIP可能与淋巴系恶性肿瘤有关,但它和心血管疾病的联系不像其他情况那么紧密。CHIP在老年人中很常见,影响约10%的70岁人群。

图 2不同类型 CH 的分类。克隆性造血 (CH) 可根据是否存在已知的驱动突变进行分类,并根据驱动突变的类型进一步分类。CH 可由小的基因改变(SNV 或 InDel)驱动,或由影响更大染色体区域的变异(嵌合染色体改变 (mCAs))驱动。由 SNV 或 InDel 驱动的 CH,可根据 SNV 或 InDel 是否存在于髓系或淋巴系肿瘤相关基因中,分别归类为髓系CH或淋巴系 CH。当驱动突变的等位基因变异频率 (VAF) ≥ 2%,且携带者没有细胞减少或明显血液恶性肿瘤时,髓系 CH 被归类为潜能不明 CH (CHIP)。类似地,当由淋巴系基因中的SNV或InDel驱动时,这种现象称为淋巴系CHIP (L-CHIP)。CHIP可进一步根据其特定的驱动基因(例如 DNMT3A 或 TET2)进行亚分类。mCAs 可根据涉及的染色体(Y 染色体、X 染色体或常染色体)分类。常染色体 mCAs 可进一步分为增益(染色体臂部分或全部增益)、缺失(染色体臂部分或全部缺失)和杂合性拷贝中性缺失(染色体臂缺失,随后对应臂复制)。图中虚线框标注的 CH 亚型特征不如其他亚型明显,本文不做讨论。

 

尽管过去5-10年的研究表明许多人携带VAF <2%的CHIP相关突变,但这些变异无法通过全基因组或全外显子组测序可靠地检测出来,并且传统上未被纳入CHIP的定义。即使在CHIP定义的VAF范围(≥2%)内,大多数大型CHIP流行病学研究中使用的全外显子组和全基因组测序,与更高灵敏度的方法(例如超灵敏靶向测序)相比,在检测2-5% VAF的突变方面具有有限的敏感性。这种有限的敏感性会影响检测到的CHIP患病率及其与疾病关联的效应大小,在解释CHIP和心血管疾病(CVDs)的流行病学数据时应予以考虑。此外,尚未使用高覆盖率靶向测序定义临床相关的CHIP的精确阈值。

 

嵌合染色体改变(mCAs)——涉及染色体大片段(甚至整个染色体)的结构变异——构成了CH中观察到的体细胞突变的重要组成部分。mCAs通常涉及性染色体,Y染色体嵌合缺失是最常见的mCA,在70岁男性中观察到40-50%。X染色体嵌合缺失可在70岁女性中检测到10-20%。尽管这些性染色体特异性mCAs通常被认为是克隆体细胞改变,但它们是否提供促进受影响HSC克隆扩张的适应性优势尚不清楚。因此,这些改变是否应归类为CH也尚不明确。mCAs也可在常染色体上观察到;这些常染色体mCAs在70岁人群中可识别出5-20%(图2)。在这篇综述中,我们主要关注由SNV或InDels(例如CHIP)驱动的CH,以及在一定程度上,Y染色体嵌合缺失,因为这些亚型与CVDs的关联性强于其他类型的造血体细胞嵌合。

 

基因特异性 CHIP 亚型

大多数CHIP患者携带有限基因集的变异,其中与表观遗传调控相关的3个基因,DNMT3A、TET2ASXL1,占所有CHIP突变的 65-80%(图 3)。

图 3 一般人群中常见CHIP驱动基因的相对比例。不同CHIP驱动基因类型的相对比例是通过将对应基因中的 CHIP 突变数量除以该研究中确定的 CHIP 突变总数来计算的。图中显示的CHIP驱动基因是总体人群中发现的最常见驱动基因。这些估计值源自327 个 CHIP 突变,来自308名个体(来自瑞典研究参与者的队列),来自 Genovese 等的研究;746 名参与者中的 805 个突变,来自 Jaiswal 等的研究;4,229 名参与者中的 4,938 个突变,来自 Bick 等的研究;以及 40,208 名参与者中的 44,435 个突变,来自 Kessler 等的研究。Jaiswal 等未将 PPM1D 包括在其 CHIP 鉴定Panel中。在各自的研究中,Genovese 等和 Jaiswal 等对 TET2 和 ASXL1 突变的覆盖率大约为 50%,导致 CHIP 突变检测数量较少,可能低估了这些基因。

 

在这些CHIP驱动基因中,DNMT3A突变最为常见,它编码 DNA (胞嘧啶-5) 甲基转移酶 3A (DNMT3A),一种催化 DNA 甲基化的DNA甲基转移酶,并协调胚胎发育和造血干细胞(HSCs)分化所需的表观遗传程序。与它的生物学作用一致,DNMT3A 的失活突变会导致甲基化模式改变,伴随造血干细胞分化减少和自我更新增加,导致突变克隆的扩张。

 

第二个最常见的CHIP相关突变基因是TET2,它编码 TET 甲基胞嘧啶双加氧酶2(TET2),一种具有酶促(例如,5-甲基胞嘧啶的羟基化,从而导致 DNA 去甲基化)和非酶促(包括招募染色质调控复合物)功能的蛋白质,并且可以抑制促炎介质(例如 IL-6)的转录。这种抑制功能的丧失,被认为会导致携带失活突变的TET2基因个体中突变HSC克隆的扩张。

 

第三个最常见的CHIP驱动突变基因是ASXL1,它编码表观遗传调控因子多能体组蛋白复合物ASXL1。ASXL1 没有酶活性,但参与多种组蛋白修饰——与髓系肿瘤相关的 ASXL1 变异通常导致蛋白质的 C 末端截短,这已被归因于功能获得性效应。然而,实验研究也表明,ASXL1的功能丧失突变会导致髓系疾病。需要进一步研究ASXL1突变的特性,以阐明该基因突变驱动CHIP的机制。

 

另外五个基因 (JAK2、TP53、PPM1D、SF3B1SRSF2) 占CHIP突变的另外10-20%(图3)。这些基因可以根据它们参与的信号转导 (JAK2)、DNA损伤反应 (TP53PPM1D) 或剪接体机制 (SF3B1SRSF2) 进行分类。

 

除了不同的突变发生率外,CHIP 驱动基因的纵向动态也存在异质性。例如,虽然 DNMT3A 突变克隆倾向于在生命早期出现并随后相对缓慢地扩张(平均增长率约为每年 5%),但 SRSF2 突变克隆则倾向于在生命后期扩张,并且扩张率要高得多(平均增长率约为每年30%)。TET2 突变驱动的克隆可以在所有年龄段出现,具有中间的增长率。纵向分析表明,除了基因特异性和突变特异性因素外,细胞外因素(例如年龄和性别)也可能驱动 CH 克隆的获得或生长。大规模分析还鉴定了与CH发展相关的胚系遗传变异。此外,流行病学数据表明,某些风险因素可能与基因特异性CHIP亚型相关,例如ASXL1的吸烟以及 PPM1D 和 TP53的化疗和辐射暴露。

 

CHIP 与人类健康和疾病

CHIP 和 CH 被认为是血液系统恶性肿瘤的先兆状态。基于人群的数据表明,CHIP 携带者患血液系统癌症的风险比非携带者高十倍以上,这转化为该人群每年总体患病风险为 0.5% 至 1.0%。不明原因的克隆性细胞减少症是一种介于正常和恶性疾病之间的状态,其特征是存在持续性细胞减少症的情况下存在CHIP突变。正如其定义所述,由于髓系驱动基因的存在,CHIP与髓系恶性肿瘤(如髓系发育不良综合征、髓系增生性肿瘤和急性髓系白血病)的关联性强于淋巴系肿瘤。髓系恶性肿瘤的风险在驱动基因之间存在差异。主要涉及的表观遗传驱动基因(DNMT3A、TET2ASXL1)和 DNA 修复基因(TP53PPM1D)通常与较低的髓系恶性肿瘤风险相关,而 JAK2 和剪接因子(SF3B1SRSF2)则与最高风险相关(图 4)。

图 4 基因特异性CHIP亚型与一般人群中髓系肿瘤和冠状动脉疾病 (CAD) (y 轴) 的关联。森林图描绘了一般人群中罹患髓系肿瘤(x 轴)和冠状动脉疾病 (CAD) 的风险。髓系肿瘤发生率的估计值来自193,743 名没有髓系恶性肿瘤病史的英国生物库参与者。CAD发生率的估计值来自荟萃分析,这些荟萃分析共同纳入了来自英国生物库或马萨诸塞州总医院生物库的 458,416 名(在 JAK2 基因中)或 50,122 名(在其他基因中)参与者,他们没有 CAD 病史。DNA 修复相关基因包括 TP53 和 PPM1D;剪接体相关基因包括 SF3B1、SRSF2 和ZRSR2(用于髓系肿瘤分析)以及LUC7L2、PRPF8、SF3B1、SRSF2、U2AF1 和 ZRSR2(用于 CAD 发生率分析)。所有风险比 (HR) 及其对应的 95% 置信区间 (CI) 代表具有特定基因CHIP亚型的人相对于没有 CHIP 的人所指示结果的风险。对于虚线对角线,y 值都等于对应的x值。

 

除了与血液系统恶性肿瘤的这些关联之外,一些基于人群的研究表明,CHIP 与总体死亡率风险增加 30% 至 50% 相关。随访分析评估了特定原因的死亡率,发现这种风险并非由癌症死亡导致,而是与心血管死亡率相关。这一观察结果导致人们认为 CHIP 也可能与非恶性疾病风险相关,于是,人们开始研究 CHIP 对心血管健康的影响(图 5)。

图5 心血管疾病及其他条件作为CHIP的结果。具有CHIP个体比没有CHIP的个体有更高的风险发展成血液恶性肿瘤(如骨髓增生性肿瘤或急性髓系白血病)。越来越多的证据表明,CHIP的作用不仅限于血液领域,流行病学研究支持CHIP(或某些特定基因的CHIP亚型)与阿尔茨海默病潜在较低的风险和骨质疏松症、血管炎和关节炎(包括痛风)、牙周病、肾病、2型糖尿病、慢性肝病、慢性阻塞性肺病、肺癌和心血管疾病的风险增加有关。在心血管疾病中,CHIP与动脉粥样硬化性心血管疾病(包括冠状动脉疾病、外周动脉疾病和卒中)、心力衰竭、心律失常(包括房颤)、主动脉瘤和静脉血栓形成有关。

 

动脉粥样硬化心血管疾病中的CHIP

研究发现CHIP与心血管死亡率相关,进而引发了对CHIP与动脉粥样硬化性心血管疾病之间关系的研究。Jaiswal等人的早期研究分析了四项病例对照研究,纳入了4726例冠心病(CAD)患者和3529例对照组,发现全外显子组测序发现的CHIP携带者CAD发病风险几乎是无携带者的2倍心肌梗死风险大约是无携带者的4倍。这些估计值来自纳入年龄、吸烟史和伴随2型糖尿病等混杂因素的多变量校正模型,表明CHIP独立于传统心血管危险因素,增加了CAD风险。后续研究通过全外显子组测序数据或靶向测序数据及随访研究,在其他队列中证实了CHIP与新发冠心病的关联,并将其关联扩展到其他动脉粥样硬化疾病亚型,例如卒中和周围动脉疾病,以及冠状动脉造影观察到的特定动脉粥样硬化表型。

 

可能是因为DNMT3A突变的影响机制与其他基因突变不同(例如,DNMT3A驱动的CHIP个体与其他基因驱动的个体在DNA甲基化模式上存在差异)。其他与CHIP相关的特征,与不良结局相关,包括更大的克隆尺寸(例如VAF >10%)以及每个个体携带的CHIP突变或驱动基因数量更多。

 

尽管最初的研究表明CHIP与事件性心血管疾病(CVD)存在强相关性,后续研究也证实了这一点。但其他研究挑战了CHIP与动脉粥样硬化性CVD强相关的说法。对过去五年大规模队列进行的全基因组或全外显子组测序数据分析发现,与早期研究相比,CHIP与事件性CVD的相关性相对较弱甚至没有关联。然而,这些相对较弱的相关性通常与“复合CHIP”表型有关,该表型包含不同CH亚型和驱动基因的聚集,尽管如上所述,不同CH类别和驱动基因之间存在显著的表型差异。这些研究还使用全基因组或全外显子组测序来识别携带CHIP的个体,这已被证明,当使用宽松的标准定义CHIP时,其与CVD的相关性会减弱(导致更多假阳性结果),而使用更严格的标准(包括去除序列覆盖率低、遗传变异和测序错误)则不然。此外,尽管早期研究表明,使用全外显子组测序或校正错误的靶向测序确定的某些CHIP突变与患有动脉粥样硬化性CVD的患者(继发预防人群)中的复发事件存在强相关性,但近一年发表的随机对照试验的次级分析表明,在没有CVD病史(一级预防人群)中,CHIP与心血管事件的相关性强于在最近有CVD病史(随访2.5年内)的人群。总之,现有证据表明,某些CHIP驱动基因(包括TET2JAK2)与事件性动脉粥样硬化性CVD存在强相关性,并强调区分不同CHIP亚型以及考虑测序方法确定CHIP的局限性。

 

潜在机制

许多实验研究评估了CHIP与动脉粥样硬化性心血管疾病之间联系的机制。评估了将Dnmt3a−/−Tet2−/−、Jak2V617FTp53−/−骨髓移植到易患动脉粥样硬化的小鼠体内,模拟DNMT3A、TET2、JAK2TP53突变分别驱动的CHIP的影响。在所有模型中,移植了突变细胞的小鼠与接受对照骨髓的小鼠相比,动脉粥样硬化形成加速。尽管这些模型的动脉粥样硬化斑块生长都加速了,但不同驱动基因的机制却有所不同(图6所示)。

图6 DNMT3A、TET2JAK2突变驱动的CHIP与动脉粥样硬化和心力衰竭关联的机制。在CHIP中,造血干细胞中的体细胞突变导致这些细胞及其后代在骨髓和循环血液中的克隆扩增。与CHIP的定义一致,该定义依赖于髓系恶性肿瘤的一系列驱动突变,源自髓系祖细胞的血细胞在CHIP相关的血管疾病中起核心作用。细胞谱型研究表明,CHIP突变的髓系细胞可以在心血管组织(如动脉粥样硬化斑块或心脏组织)中找到,但并不优先积聚在这些区域;相反,它们通过促进促炎表型来发挥其有害的心血管效应,影响心血管系统。源自JAK2突变祖细胞的红细胞、血小板和中性粒细胞通过多种机制促进动脉粥样硬化和血栓形成。此外,携带JAK2TET2突变的循环单核细胞通过各种机制促进动脉粥样硬化和血栓形成。

 

在所有与CHIP相关的常见突变基因中,由于其相对高发率以及与人类研究中的动脉粥样硬化事件的密切关联,TET2基因受到了大部分机制研究的关注。多项证据表明,TET2驱动的CHIP通过炎症途径加剧血管斑块的形成。例如,过去5年的研究支持一种框架,即TET2缺乏症通过表观遗传变化破坏细胞内信号传导,导致NLRP3炎症小体的激活以及下游细胞因子IL-1β和IL-6表达增加研究已显示,对NLRP3炎症小体或IL-6受体的药理抑制可防止TET2驱动型CHIP小鼠模型中动脉粥样硬化的加速。同时,在人类中也观察到了类似的现象。与没有CHIP的人相比,TET2驱动型CHIP患者血浆中IL-1β和IL-6水平更高,而抑制IL-6信号传导的IL6R基因变异(例如p.Asp358Ala)可以减轻与TET2驱动型CHIP相关的冠状动脉疾病(CAD)风险。这些发现也得到了临床试验数据的支持,CANTOS试验的后续分析表明,给予canakinumab单抗(一种抑制IL-1β的单克隆抗体)可能在TET2驱动型CHIP患者中比没有CHIP的患者更大程度地降低心血管风险。这些发现共同突出了NLRP3-IL-1β-IL-6级联作为心血管风险降低的候选药物靶点,尤其是在TET2驱动型CHIP的情况下。

 

JAK2V617F对动脉粥样硬化血栓形成有贡献。来自人类和老鼠的数据表明,造血表达的JAK2V617F促进了中性粒细胞胞外陷阱的形成,这可能会增加血栓形成的风险。此外,在小鼠红细胞中表达Jak2V617F已被证明会加剧动脉粥样硬化,其机制是红细胞缺陷(例如抗氧化防御能力降低和脂质氢过氧化物水平升高),导致红细胞吞噬和巨噬细胞铁死亡;而在小鼠巨核细胞和血小板中表达Jak2V617F已被证明会通过增加血小板活化来促进动脉血栓形成。非甾体抗炎药(包括环氧合酶2抑制剂)、JAK2抑制剂和抗IL-1抗体已被证明对小鼠中的Jak2V617F相关动脉粥样硬化血栓形成具有保护作用。

 

与TET2驱动型CHIP的发现类似,其他研究也报道了在移植了DNMT3A缺陷骨髓的小鼠和DNMT3A驱动型CHIP个体中,NLRP3炎症小体及其下游介质的表达上调。髓系DNMT3A缺陷的小鼠模型显示动脉粥样硬化加速,促炎细胞因子表达增加,与野生型对照组相比。虽然Dnmt3a驱动型CHIP小鼠模型的促炎表型与Tet2驱动型CHIP小鼠模型相似,但后者模型在趋化因子信号通路相关基因的表达方面更丰富,这可能有助于解释不同基因特异性CHIP亚型与人类流行病学研究中动脉粥样硬化事件之间关联的异质性。相比之下,目前实验证据并未强烈暗示NLRP3-IL-1β-IL-6级联在TP53驱动型CHIP中发挥作用。相反,导致动脉粥样硬化加重的TP53驱动型CHIP被认为是由斑块中p53缺陷巨噬细胞的增殖和扩张驱动,而与IL-1β和IL-6无关。需要进一步研究TP53与动脉粥样硬化的机制,以阐明治疗干预的分子靶点。

 

CHIP与动脉粥样硬化之间的双向关联

精心设计的流行病学研究和动物实验表明,CHIP突变可能先于动脉粥样硬化发展,暗示其可能与动脉粥样硬化发生有关。然而,证据也表明,动脉粥样硬化可以通过加速造血干细胞增殖和驱动突变克隆扩张来促进CHIP的发展。这可能意味着,患有动脉粥样硬化的患者可能更容易患上CHIP,并且CHIP可能是(亚临床)动脉粥样硬化患者病情严重程度的指标。尽管这些发现支持CHIP与动脉粥样硬化发展之间恶性循环的概念,但对3692名中年人进行的高灵敏度测序分析发现,与这些变异相关的相关变异与6年内新发股骨动脉粥样硬化风险增加有关,但在反向方向上未观察到关联。

 

为了评估反向因果关系的可能性,一些研究小组调查了非特异性炎症与CHIP之间的联系。一些与CHIP相关的动脉粥样硬化驱动因素,例如IL-1β和IL-6,已被证明能促进突变造血干细胞的扩张,支持这样一种观点:CHIP克隆的适应性和抗炎能力增强可以促进克隆生长。然而,许多自身免疫或炎症性疾病与CHIP没有关联,这反驳了非特异性炎症会驱动克隆生长的观点。炎症与CHIP的精确关系仍不明确,需要进一步研究。

 

心脏功能障碍和心力衰竭中的CHIP

 

  • CHIP作为心力衰竭的危险因

最初的研究表明CHIP在动脉粥样硬化性心血管疾病发展中发挥作用,研究人员开始检查其与其他心血管疾病亚型的关联。早期的小鼠研究发现,特定的CHIP突变与加剧的心脏功能障碍有关,从而推测CHIP可能是心血管疾病(包括心力衰竭)的风险因素,而不仅仅是动脉粥样硬化。该假设首先在人类身上通过对来自五个基于人群的队列的全基因组或全外显子组测序数据进行荟萃分析进行检验,这些队列的基线总共包括56,597名无心力衰竭病史的参与者。携带这些变异的个体发生心力衰竭的风险比不携带这些变异的个体高25%,这种效应独立于传统危险因素的影响,并且在有或没有冠状动脉疾病病史的个体中相似。后续研究评估了CHIP与射血分数保留性心力衰竭(HFpEF)和射血分数降低性心力衰竭(HFrEF)的关联。对来自两个前瞻性队列的8,090名参与者的分析显示,CHIP相关变异通常与新发心力衰竭(HFpEF)的关联性强于HFrEF,特别是对于TET2驱动的CHIP,与无CHIP个体相比,其发生HFpEF的风险高2倍,但与HFrEF的风险增加无关。类似地,一项病例对照研究发现,TET2驱动的CHIP在HFpEF患者中的发生率高于对照组。

 

CHIP在已确诊慢性缺血性心衰患者中的预后重要性也已得到评估。在一组接受中位随访4.5年的慢性缺血性心衰患者中,由DNMT3ATET2变异驱动的CHIP的存在独立地与心力衰竭相关死亡或再住院风险增加了两倍以上。在HFrEF或HFpEF患者队列中也报道了类似的结果,其中携带CHIP相关变异的患者始终与较差的心血管结局相关。此外,CHIP在识别高危心脏病死亡的晚期心力衰竭患者中的预后价值也已得到评估。在这些研究中,CHIP在心源性休克患者中高发,并且与不良结局(如30天死亡率和严重肾衰竭)独立相关。CHIP相关变异的预后价值也已在患有癌症且CHIP风险增加的患者中进行评估。与上述已确诊心衰患者的发现一致,携带CHIP相关变异(特别是TET2TP53)的癌症患者,治疗相关性心肌病风险显着增加。这些发现共同支持CHIP在不同临床环境中具有预后价值的观点。

 

目前研究结果并未明确显示CHIP相关DNMT3A变异携带者在普通人群中发生心衰风险增加。相反,多条证据表明,DNMT3A驱动的CHIP与心衰进展的关联性强于心衰发病。这些结果表明,这种特定的CHIP亚型可能有助于心衰风险分层。

 

  • CHIP与心脏功能障碍的因果关系机制研究

多种研究方法被用于探讨CHIP与心力衰竭(HF)之间的机制联系。这些研究揭示了多种与心脏功能障碍相关的机制,通常与炎症和免疫反应有关,且与所研究的CHIP驱动基因密切相关(图6)。

 

在多种心脏功能障碍的小鼠模型中,移植Tet2突变骨髓会加剧心脏功能障碍,与移植对照骨髓相比,表现为心脏重塑和心肌纤维化。这些结果得到了人类数据的支持,显示TET2驱动型CHIP与心脏磁共振成像T1值(反映心肌间质纤维化)存在关联。对生物工程小鼠模型中Tet2驱动型CHIP的心脏组织进行分子谱分析,有助于深入了解心脏功能障碍的具体机制。例如,这些小鼠心脏转录本中炎症相关基因(如Il1b)表达增加。对NLRP3炎症小体的抑制能够逆转这些Tet2驱动型CHIP小鼠模型中的心脏功能障碍,这表明动脉粥样硬化和TET2驱动型CHIP相关的心脏功能障碍可能存在部分共同的分子机制。

 

尽管DNMT3A,最常见的CHIP驱动基因,在动脉粥样硬化机制研究中尚未深入,但由于DNMT3A驱动型CHIP与心力衰竭预后相关,因此更多研究关注其突变与心脏功能障碍之间的潜在联系血管紧张素II的输注导致Dnmt3a突变小鼠的心脏功能下降,并伴随心脏肥大和纤维化加重,而野生型小鼠则没有。在小鼠Dnmt3a突变髓系细胞体外模型中,下游介质分析显示促炎细胞因子(如IL-6和CXCL2)表达升高。单细胞分析结果显示,与未携带CHIP的心力衰竭患者相比,DNTM3A驱动型CHIP患者的单核细胞中促炎因子(如IL-1β、IL-6和CXCL2)表达升高。后续研究利用更先进的技术进一步识别单细胞水平上的DNMT3A突变细胞,发现DNMT3A突变在不同血细胞类型中具有不同的表型效应,单核细胞(富含炎症和吞噬作用)以及CD4+T细胞和自然杀伤细胞(富含活化特征和效应功能)的基因表达模式发生改变。来自不同队列的DNMT3A驱动型或TET2驱动型CHIP个体的单细胞分析发现了类似的影响。其他分析还确定成纤维细胞是与DNMT3A突变单核细胞相互作用的潜在伙伴,这表明DNMT3A突变可能激活心脏成纤维细胞,从而导致心肌纤维化。这些数据共同支持了Dnmt3a驱动型CHIP小鼠模型中心肌纤维化增加的发现,并为DNMT3A驱动型CHIP与人类心力衰竭进展相关联提供了一种潜在的解释。

 

来自小鼠的实验数据还表明,由Jak2Tp53突变驱动的CHIP可以在既有心力衰竭和蒽环类药物诱导的心脏毒性背景下加剧心脏功能障碍。需要进一步的工作来阐明这些以及其他不太常见的基因特异性CHIP亚型与心力衰竭之间的联系机制。

 

CHIP与其他心血管疾病的关系

尽管大多数CHIP相关研究都集中在动脉粥样硬化和心力衰竭,但越来越多的证据表明CHIP也参与了其他类型的CVD,例如心律失常和瓣膜性心脏病。CHIP也与其他CVD有关,包括静脉血栓栓塞和动脉瘤,但这些关联的证据有限

 

  • CHIP与心律失常的关系

基于实验研究表明,某些CHIP相关变异会导致炎症失调和心脏纤维化重塑,这两者都与心律失常的发生密切相关。过去5年来的研究探讨了CHIP与心律失常发生风险增加之间的关系。一项最早检验这一假设的研究涉及410,702名40-70岁普通人群,他们接受了全外显子组测序及随访。研究发现,任何CHIP的存在都与心律失常事件的发生显着相关,包括室上性心律失常(如心房颤动(AF))、室性心律失常和缓慢性心律失常(包括房室传导阻滞或束支传导阻滞)。对心律失常亚型的二次分析发现,这些关联在AF和室性心律失常中最为强烈,并且在驱动基因之间存在差异。在最常见的CHIP驱动基因中,TET2在随访期间发生任何心律失常的风险最高;携带PPM1DTP53等DNA损伤修复基因变异的个体总体风险最高,与未携带CHIP的个体相比,发生AF的风险增加了1.8倍,TP53则增加了4.3倍心脏骤停的风险DNMT3A驱动型CHIP的研究结果不一致,有待进一步研究。

 

其他研究证实了某些CHIP相关变异与AF发生率之间的关联,并表明患有房颤且伴有这些基因突变的患者,其疾病表型比没有这些基因突变的患者更严重,特征在于房颤持续时间较长,舒张功能下降,并且在随访期间,心力衰竭、缺血性卒中或死亡的风险显著增加。这些基因突变与房颤之间的关联也在小鼠身上进行了实验探索。在动脉粥样硬化和非动脉粥样硬化的小鼠模型研究中发现,血细胞中这些基因的失活增加了房颤的易感性。与动脉粥样硬化和心力衰竭的小鼠模型观察结果一致,机制分析结果表明炎症介质和钙释放失衡是房颤的重要因素,这些因素与Tet2驱动型这些基因突变相关。NLRP3炎症小体抑制剂可预防这些小鼠中Tet2缺乏症导致的房颤。这表明不同与Tet2驱动型这些基因突变相关的CVD可能具有共同的药物靶点。然而,另一项报告术后房颤与血液细胞体细胞突变(包括驱动这些基因突变的突变)之间存在关联的研究,未发现与NLRP3-IL-1β-IL-6通路相关的差异表达。需要进一步的机制研究来阐明这些基因突变导致不良心血管结局(包括心律失常)的基因特异性机制。

 

对患有严重主动脉瓣狭窄的患者进行单细胞RNA测序后发现,单核细胞中DNMT3ATET2变异也显示出类似结果;CHIP是否导致如主动脉瓣狭窄等瓣膜性心脏病,还需要进一步研究。

 

mCAs和心血管疾病风险

大多数研究都集中在由SNV或InDel(例如CHIP)驱动的冠心病(CH)亚型与其心血管结局之间的关联上。然而,过去5年来的研究也检验了mCAs与心血管疾病(CVDs)之间的关联。基于人群的研究普遍表明,与由SNV和InDel驱动的C)相比,常染色体mCAs通常不会显著增加心血管疾病CVD风险。一个值得注意的例外是JAK2相关的染色体9p臂杂合性丢失,这与心肌梗塞或中风风险显著增加有关。

 

尽管目前证据表明,常染色体mCAs通常与心血管风险关联不大,而性染色体mCAs,特别是男性Y染色体嵌合丢失,则显示出不同的结果。例如,骨髓细胞中缺乏Y染色体的小鼠,其心肌纤维化程度更高,心脏功能障碍风险更大,死亡率也更高。这些病理变化可能由促纤维化信号通路过度激活引起。相比之下,大多数研究表明,CHIP相关的病理过程主要由促炎性的NLRP3-IL-1β-IL-6信号通路驱动。与小鼠研究结果一致,人类研究也表明,外周血中Y染色体嵌合性丢失与普通人群男性心力衰竭(HF)相关死亡风险增加有关。同样,外周血中Y染色体嵌合性丢失也与经导管主动脉瓣置换术患者的死亡率升高有关。尽管最近的研究开始关注女性X染色体嵌合性丢失的表型影响,但仍需进一步研究以阐明其对CVD风险的潜在影响。

 

挑战与展望

尽管过去十年对CHIP的心血管影响有了很大了解,但仍存在一些问题阻碍了CHIP筛查的常规临床应用。识别携带CHIP相关基因变异的个人是一个主要挑战。尽管可以通过外周血DNA测序检测CHIP,但目前测序技术不适合检测CHIP,因此对低风险人群进行主动筛查成本较高。而且,目前尚不清楚携带CHIP基因变异的个体需要采取哪些临床措施,这也是挑战广泛筛查的另一个原因。调查显示,乳腺癌幸存者(CHIP筛查潜在目标人群)大多认为CHIP检测有益且必要。CHIP靶向检测技术正在研发中,初步结果显示其可能成为一种经济且准确的测序方法,未来有望降低CHIP筛查成本。此外,CHIP变异体有时会在其他检查(例如癌症患者检查或直接面向消费者的基因检测)中被发现,这给不同科室的医生带来新的挑战。

 

另一个挑战在于辨别哪些 CHIP 携带者面临最高的风险。已经开发出风险模型,预测哪些 CHIP 携带者最有可能患上髓系肿瘤。例如,CH 风险评分 (CHRS) 根据八项实验室和遗传指标,将 CHIP(或不明原因的克隆性细胞减少症)患者分为三组:高风险组(进展为髓系恶性肿瘤的风险超过 50%),中风险组(风险为 7% 至 8%)和低风险组(风险低于 1%)。随访分析显示,高风险 CHRS 组的个体全因死亡率和非恶性疾病风险也更高,包括缺血性心血管疾病、动脉血栓栓塞和静脉血栓栓塞,以及心脏心律失常。重要的是,CHRS 在外部队列中预测了全因和心血管死亡率,验证了其对心血管疾病的预后价值。

 

治疗干预措施,包括抗炎疗法,对 CHIP 相关心血管风险的影响仍未充分研究。临床试验数据显示,TET2 驱动型CHIP患者可能从针对IL-1β的单克隆抗体中获益。类似的发现也见于接受秋水仙碱治疗的CHIP相关TET2变异携带者,以及TET2缺陷小鼠的实验研究。对5项随机临床试验的分析显示,对于靶向PCSK9、钠-葡萄糖协同转运蛋白2、P2Y12 或Xa因子等蛋白质的已建立心血管疾病疗法,CHIP携带者与非携带者之间治疗效果的异质性并不显著。尽管有这些初步数据,但仍需要进行专门的临床试验来评估靶向 NLRP3-IL-1β-IL-6 通路或其他分子介质的药物对人类 CHIP 相关心血管疾病风险的影响。最后,体细胞突变在非造血组织中的作用仍不明确。体细胞突变已知发生在全身,包括心脏和血管等心血管组织。一些研究表明,此类获得性突变可能直接导致心血管疾病;然而,其在人群中的影响仍有待进一步研究。

参考资料

Art Schuermans ,Michael C. Honigberg. Clonal haematopoiesis in cardiovascular disease: prognostic role and novel therapeutic target. Nature Reviews Cardiology, 2025

 

 

伯科全外芯片 – Core Exome Panel v3.0

TargetCap@ Core Exome Panel v3.0基于伯科高品质DNA探针合成技术开发,全流程国产制造,由~40万条探针组成,以GRCh38/hg38人类参考基因组设计,参考Refseq、CCDS、ClinVar等数据库,覆盖19,524个基因,目标区域为33.9Mb。

 

捕获性能比较

伯科全外芯片v3.0性能优异与国外友商同类型产品v2相当,中靶率、覆盖率、覆盖均一性等参数均达到国际领先水平。

适配高通量流程平台

批次稳定

使用不同批次TargetCap® Core Exome Panel v3.0芯片对NA12878 gDNA进行捕获测序,结果显示,不同批次芯片在不同测序平台上均显示出优异的稳定性,不同位点的相对深度相关性高,批次稳定。

变异检测准确

单核苷酸变异(SNV)和插入缺失 (INDEL)是基因组变异的常见形式,也是引起人类疾病的重要原因。

 

选取NA12878标准品,与预期SNV和INDEL变异进行比较。结果表明,在MGI与Illumina测序平台,SNP灵敏度为99.1%,INDEL灵敏度为91.6%。

添加线粒体模块临床样本表现

20例全血样本(S1#-S20#),采用1-4 Plex方式使用伯科Core Exome Panel v3.0添加线粒体模块进行过夜杂交捕获;其中,S1#-S10#在Illumina NovaSeq X Plus平台测序, S11#-S20#在MGI MGISEQ-T7平台测序,均采用150PE模式测序。得到测序数据后,抽取8Gb数据进行生信分析。


两种测序平台的数据表现相近,平均深度分别为111x/115x (Illumina/MGI),中靶率优异均> 85%,覆盖均一性极佳(0.2X_MD≥99.3%);仅使用8Gb数据,高达98.5%的捕获区域达到了30X以上,99.5%的捕获区域达到20X以上,为临床样本检测提供了可靠的捕获数据。

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