近万例样本Target Cap®捕获技术表现
- boke
- 2022-05-12
- 3:18 下午
图1. 人体血液中不同细胞的mtDNAcn状态以及mtDNAcn与疾病的关系[1,2]
根据用户要求，线粒体覆盖深度达到主体Panel的1x平均深度。如上文描述，线粒体基因组拷贝数一般远高于核基因组，因此，需要较低的线粒体探针用量以达到主体Panel（核基因组探针）的深度。如图2所示，根据伯科内部积累的线粒体掺入数据，我们首先选择~0.033x线粒体探针用量，即预期线粒体基因组覆盖为1x主体Panel平均深度，进行首次测试。受样本个体生理或病例条件影响，在24例样本中，部分样本的线粒体覆盖深度低于1x主体Panel平均深度（6/24）。为了达到用户要求，我们进一步提高了线粒体探针用量，第二次测试结果表明，绝大部分样本达到了既定要求（23/24）；同时，线粒体覆盖深度最高的样本在主体Panel的平均深度的5倍左右，避免了线粒体深度过高导致的数据量浪费。
图2. 伯科线粒体掺入数据以及用户Panel掺入调试
后续的大规模样本（n＞4000）捕获与预期基本一致，99.5%的样本达到1x平均深度以上。其中未达到预期的样本（占比0.5%）的线粒体基因组覆盖深度也达到0.5x以上平均深度，可能与样本自身的生理或病理情况有关。此外，进一步分析每个样本的线粒体基因组的具体覆盖情况，Coverage，0.2x Mean和0.5x Mean平均值分别为100%，99.97%和99.06%，展现出卓越的表现和稳定性。
图3. 线粒体DNA平均覆盖深度与主Panel比例分布以及大样本量捕获时，线粒体DNA覆盖均一性统计
综上所述，为了线粒体基因组达到主体Panel 1x平均深度的需求，伯科根据内部积累数据和实际调试，确认了掺入线粒体探针用量，在大样本量捕获中，其覆盖深度符合预期，覆盖均一性表现优异；同时，也再一次证明伯科Target Cap®捕获技术完全胜任大规模样本检测要求。