6161例疑似遗传性癌症患者的大型队列研究,全面分析TP53基因的分子与临床特征,进一步强调了级联筛查的重要性
- boke
- 2025-03-03
- 6:02 下午

背景
TP53是一个参与多种细胞过程,并协调DNA损伤反应的肿瘤抑制基因。TP53体细胞致病变异(PV)出现在大多数肿瘤类型中,当存在于胚系时,它们会导致一种常染色体显性遗传性癌症易感综合征,称为李-法美尼综合征(LFS)。
LFS的特征是极易患多种早期发生的原发性肿瘤。男性和女性终身累积癌症风险估计接近100%,包括骨肉瘤、软组织肉瘤、脑瘤、肾上腺癌、以及绝经前乳腺癌等。
值得注意的是,国内单中心不加选择大样本的数据(10053 例)显示 TP53 在所有乳腺癌中的突变率约 0.5%,但是在早发性乳腺癌(首诊年龄=30 岁)中的突变率可达3.8%。
TP53 突变携带者乳腺癌的发病风险高,且TP53突变的乳腺癌发病年龄非常早(=30岁),应该更早开始筛查。
LFS的临床诊断基于个人及家族癌症病史。由于观察到的表型的广泛异质性以及多基因Panel检测的广泛应用,进而使得TP53胚系检测在LFS特征之外个体中的显著增加,对更广泛的表型癌症谱和与胚系TP53 PVs相关的变异性外显率的普遍认识,导致重新定义并命名这种遗传性疾病为“TP53相关的遗传性癌症综合征”(hTP53rc),它扩展了LFS的典型界限。
TP53基因的胚系变异解读具有挑战性,原因在于TP53变异的多样性、综合征外显率多变性、TP53体细胞嵌合的可能性以及TP53在不明潜能克隆造血(CHIP)中的作用。
在诊断患者中,高达20%会出现新的TP53致病变异。这些病例通常缺乏家族癌症史,并呈现出不完全的外显率。同时,在新的病例中,体细胞嵌合现象的报道越来越多,这与其他显示高突变率的遗传性癌症肿瘤抑制基因(如APC、NF1或PTEN)的情况类似。然而,TP53嵌合的患病率仍然不明确。
另一方面,TP53也是克隆性造血疾病(CHIP)而最常发生突变的基因之一。CHIP是指主要与年龄相关的造血干细胞突变的积累和扩增,尽管它也与吸烟和放化疗暴露有关。这种现象影响了60岁以上的5%人群,并导致血液恶性肿瘤和冠状动脉疾病风险增加。由于胚系检测主要在血液样本中进行,因此解读源于嵌合或CHIP变异,变得较为困难,因为这些变异通常以较低的变异等位基因频率(VAF)检测到,并且可能被忽视。
本研究对6161例疑似遗传性癌症患者中45例的血液DNA中发现的TP53致病变异(PV)进行了全面分析。评估了嵌合和CHIP相关的TP53体细胞变异在胚系检测中的流行情况和影响。并在105例胚系变异携带者(包括病例本人及其亲属)中,评估了基因型-表型相关性和不同TP53临床标准的适用性。
方法
对 6161 名疑似遗传性癌症患者的TP53基因进行了分析,2016年前采用一代测序、2016年后采用基于二代测序(NGS)的多基因Panel(I2HCP,168 genes)。
这些患者被分为三个亚组:
(1) 495名符合LFS/Chompret临床标准的患者;
(2) 2481名早期发病的乳腺癌/结直肠癌患者;
(3) 3185名没有提示hTP53rc的临床特征的患者。
当在不符合 LFS/Chompret 标准的个体中检测到TP53变异,或当变异在低变异等位基因频率 (VAF) 下被识别时,会进行进一步检测或其他检测。

结果
在45名Proband的血液DNA中发现了TP53变异。其中39例中阐明了变异的来源:72% 的患者具有组成型变异,10%为嵌合体,18%具有与克隆性造血干细胞CHIP相关的变异。
该研究鉴定出29种独特的TP53基因致病变异(PVs):包括19种错义突变,2种影响剪接位点的突变,4种移码突变,3种无义突变和1种大的重排。对于这2种剪接变异体,RNA分析显示该变异等位基因未产生任何完整长度的转录本。

对胚系携带者的队列研究中,对155名家庭成员进行了家族筛查,发现了77名额外的杂合子。
共发现104名胚系杂合子TP53变异携带者,其中女性62人(59.6%),男性42人(40.4%):其中77例来自额外家庭成员。在随访期间,67人(64.4%)已患至少一种癌症(诊断中位年龄:39岁))。22人(21.2%)被诊断出患有多种原发性癌症。男性无癌携带者比例较高:54.8%对22.5%的女性无癌个体。女性携带者在首次癌症诊断时的中位年龄低于男性携带者(38岁对44岁)。
最常见的癌症为:乳腺癌(N=37),肉瘤(N=12),肺癌(N=9),脑肿瘤(N=8),结直肠癌(N=6)和前列腺癌(N=3)。值得注意的是,肺癌是该队列中第三常见的肿瘤,可分析的肺癌病例(N=7/9)均为腺癌(7/7),且71.4%的病例携带体细胞EGFR突变(4例为外显子19缺失,1例为L858R)。需要进一步研究TP53基因变异携带者是否更容易患有EGFR突变的肺癌。

值得注意的是,在发现的7个 CHIP-TP53 变异中,有两个以较高变异等位基因频率 (VAF > 35%) 检测到。29%的胚系TP53变异不符合任何LFS临床标准。在临床标准中,Chompret 2009标准在该研究队列中显示出较高的敏感性 (58%),而 Chompret 2015 标准的敏感性为54%,这突出了在临床标准中应考虑肺癌的重要性

结论
该研究数据支持对TP53进行进一步检测,以识别潜在的嵌合体和CHIP相关的变异,尤其是在不符合LFS临床标准的患者中,无论VAF如何,以及应用包含肺癌的临床标准
伯科47基因常见遗传性癌症研究Panel性能表现
伯科 “47基因常见遗传性癌症研究Panel”包含47个常见遗传性癌症相关基因,该Panel覆盖~300Kb基因组区间,包含UTR以及外显子上下游20bp,并纳入5个基因的启动子区域。“47基因常见遗传性癌症研究Panel”既可以独立使用,也可以根据科研需要添加感兴趣的其他基因和区域。
伯科47基因常见遗传性癌症研究Panel性能表现

TP53基因实测覆盖情况

参考资料
[1] Rofes, P., Castillo-Manzano, C., Menéndez, M. et al. TP53 germline testing and hereditary cancer: how somatic events and clinical criteria affect variant detection rate. Genome Med 17, 3 (2025). https://doi.org/10.1186/s13073-025-01429-5