6 基因靶向长读长检测，进一步提升听力障碍患者分子诊断阳性率
- boke
- 2024-12-24
- 3:52 下午
前庭导水管扩大症 (EVA) 是一种常见内耳畸形，会导致听力损失和前庭功能障碍，EVA也是儿童感音神经性聋症中最常见的内耳畸形，其致病基因是SLC26A4。
在中国，SLC26A4是耳聋患者中最常见的致病基因，占耳聋患者的 13%–22%。此外，Pendred 综合征中 SLC26A4 和EPHA2的双基因遗传模式已被提出并已在两个日本 EVA 家系中得到证实。
在先前的研究中，通过SLC26A4基因的外显子及其侧翼区域进行多重PCR测序，可以诊断出高达95%的中国EVA患者，他们携带了SLC26A4基因的双等位基因致病突变(M2)。
然而，仍有部分EVA患者在基因检测后无法分子诊断[单等位基因 (M1) 或没有 (M0) SLC26A4 变异]，这给遗传咨询带来了巨大的挑战。
在一项新的研究中[1]，研究人员利用不同分子检测手段采取逐级策略对13例未确诊的EVA患者进行了全面的分子检测，其中9/13的患者得到确诊，进一步提高了中国EVA的诊断准确性。
逐级检测方法包括：
1）SLC26A4多重PCR富集和二代测序数据分析拷贝数变异 (CNV)；
2）包括SLC26A4在内的6基因靶向捕获长读长测序（SMRT）分析深度内含子和结构变异；
3）全外显子测序筛查EPHA2基因变异；
4）全基因组测序全面筛查基因变异；
5）验证手段：长程或普通PCR进行Sanger测序。
检测结果
1）通过CNV分析发现，在7名患者中检测到外显子1-3、外显子5-6和外显子9-10的缺失突变，并经长程PCR和Sanger测序验证。
2）靶向捕获长读长测序（SMRT）测序在例患者中鉴定出相同的杂合深内含子突变 (NM_000441.2:c.304+941C>T)，最终对9例患者进行了确诊。
值得注意的是，外显子9-10缺失和c.304+941C>T变异此前未见报道，这在文献中尚属首次报道。进一步对杂合变异携带者血液中提取的mRNA进行分析，表明变异c.304+941C>T 导致了AluSz6 元件 (126 bp) 部分外显子化，该变异位于该元件内部。
总之，通过逐级分子检测方法提高了 EVA 的诊断准确率，发现了SLC26A4基因新的突变类型，并揭示了外显子缺失和深内含子变异在EVA发病机制中的作用。
SLC26A4基因LRS靶向捕获测序
DNA 投入量：3 μg
片段化长度：1~6 Kb
定制化Gene Panel: GJB2, SLC26A4, GJB3, GJB6, POU3F4, MT-RNR1
测序平台：Pacific Biosciences Sequel II
参考资料
1. Tian Y , Liu M , Lu Y ,et al.Exonic Deletions and Deep Intronic Variants of the SLC26A4 Gene Contribute to the Genetic Diagnosis of Unsolved Patients With Enlarged Vestibular Aqueduct[J].Human Mutation, 2024