用户测评|伯科生物全外显子芯片v3.0（二）
2021-09-27
伴随着生命科学与生物技术的快速发展，隐藏在基因序列的秘密正在被逐步探索。全基因组重测序能挖掘到样本在全基因组范围的大部分遗传变异，但非编码区约占基因组区域的70-80%，外显子捕获测序能够帮助研究人员将注意力与资源集中在基因组编码区。尽管有些基因的调控因子位于非编码区，但是综合考虑数据测序的成本、数据存储的成本、数据分析周期等因素，全外显子捕获后测序仍是目前最具性价比的测序手段。本文主要展示了伯科生物TargetCap® Core Exome Panel v3.0（下文简称伯科v3.0）数据表现。
测评简介
01全外芯片
伯科v3.0、友商A**
02测评过程
通过平行干、湿实验，测试伯科v3.0全外芯片数据表现
03测评单位
所有实验均由第三方机构独立完成
04测评方案
测试样本采用gDNA，杂交方式为多样本混合、过夜杂交
05测序平台
Illumina测序平台
06测评结论
伯科v3.0各项性能优异，达到测试预期
实验设计
本次测评分别使用伯科v3.0和友商A**的全外显子芯片对3例gDNA样本进行多样本混合（3-Plex），过夜杂交捕获，在Illumina平台上测序。伯科v3.0和友商A**的捕获区域大小分别为42Mb和60Mb，鉴于两款芯片捕获区域差距较大，下文只展示伯科v3.0数据。
图1.测评实验流程图及基本测序信息
测评结果
三例样本的测序数据量在8.4~9.8Gb之间，理论测序深度在140~160X之间（Withdup），数据比对率均在99.8%以上。接下来，主要从以下几个方面测评全外芯片的捕获表现：
1. 冗余度：测序数据尽可能低的冗余；
2. 中靶率：测序数据尽可能多位于目标区域内；
3. 目标区域覆盖率：能否将目标区域尽可能完整的覆盖；
4. 数据有效性：测序数据尽可能少浪费（每Gb测序深度）；
5. 覆盖均一性：能否将尽可能多的区域达到分析要求（减少测序数据量）。
如图2所示，伯科v3.0芯片数据表现如下，冗余度为25%；中靶率（按Bases计算）约为70%，中靶率（Reads计算）约为92%；目标区域覆盖率为99.3%；数据有效性为12X/Gb，与其他第三方机构测评结果一致。在覆盖均一性方面，伯科v3.0芯片一如既往的优异。
图2. 伯科v3.0芯片捕获表现
（冗余度/中靶率/目标区域覆盖率/数据有效性/覆盖均一性）
综上所述，伯科生物TargetCap® Core Exome Panel v3.0在比对率、冗余度、中靶率、目标区域覆盖率、数据有效性这些参数，均有不俗的表现；伯科生物TargetCap® Core Exome Panel v3.0的高特异性和高均一性更是完全超出用户预期。
图3. 伯科自测评数据（gDNA标准品）
