技术小贴士：杂交与清洗缓冲液性能中的“跷跷板”
- boke
- 2024-09-06
- 5:48 下午
目前，高通量测序技术（NGS/TGS）已经逐步成熟，其优势在于可以一次性完成对大量，不同类型靶标的检测。
以全外显子测序（WES）为例，该技术基于液相基因芯片靶向捕获并与高通量测序相结合，目的在于富集编码蛋白质的外显子区域，一次检测可以覆盖~2万个基因，变异类型包括单核苷酸变异，小型缺失和插入，外显子拷贝数的增加与减少等变异类型，以更经济，准确的方式扫描可能致病的基因区域。
液相基因芯片靶向捕获技术流程包括五个模块，基因芯片（Gene Panel）、封闭试剂、杂交与清洗缓冲液（H&W Buf）、捕获磁珠以及扩增富集模块。目前，伯科已经完成所有模块的国产化生产，性能优异、稳定。
伯科WES液相基因芯片（Core Exome Panel v3.0，下文简称BOKE v3.0）包含40万+条探针、自主设计、合成。使用伯科v3完整的配套试剂盒与友商I同类产品WES Panel v2的完整试剂盒进行平行测试，采用NA12878和NA24694 gDNA进行4-plex过夜杂交，在相同数据量下基础性能参数比较。
如下图所示，Panel覆盖率、冗余度、中靶率和覆盖均一性方面两款WES试剂盒性能相当，BOKE v3.0稍好，比如非常关键的两个参数，中靶率和覆盖均一性（0.2x Mean越高越好、Fold80越低越好）。
BOKE v3.0与友商v2 WES Panel均具有优异的捕获性能
BOKE v3.0在中靶率和覆盖均一性方面的优异表现主要来自两个方面，一方面，深度优化的探针设计和高质量合成工艺是高质量基因芯片的基础；另一方面，高性能杂交与清洗缓冲液（H&W Buf）配合下能更充分发挥芯片“硬件”的优势。
BOKE v3.0与友商v2 WES Panel均具有良好的捕获内部重复性（相对平均深度）
H&W Buf的性能评估中，中靶率和覆盖均一性是一对拮抗的参数，就像是“跷跷板”一样，中靶率高容易造成覆盖均一性下降、反之亦然。因此，伯科Hybridization and Wash Kit在两个参数中选择了一个平衡状态。
H&W Buf的中靶率过高可能会存在一些隐患，首先，基因组低GC区域的覆盖会下降，不能达到有效测序深度，影响该区域的变异检测；此外，由于DNA/DNA杂交的敏感性，中靶率过高时，更多近似匹配结合的文库片段会被去除，那么，像InDel、体细胞突变等在结合与不结合阈值附近的变异类型的检测准确性更可能会受到影响。
伯科Hybridization and Wash Kit在大量用户的长期使用中表现优异，性能稳定。伯科将持续研发更高性能的缓冲液体系，也可以根据用户需求，定制开发个性化H&W Buf试剂盒，满足不同的应用场景。