基因靶向捕获配套试剂升级了——TargetCap® Hybridization and Wash Kit v2 杂交与清洗试剂盒产品简介

试剂盒概述

伯科杂交与清洗试剂盒v2 (TargetCap® Hybridization and Wash Kit v2,下文简称 Hyb & Wash Kit v2)简化了试剂组分和操作流程,同时仍保持优异的捕获性能。Hyb & Wash Kit v2 包含了4种缓冲液组分,仅需3步清洗,操作流程更加便捷。

 

组分介绍

        Hyb & Wash Kit v2 包含4种试剂: 

         (1)Hybridization Buffer,文库与探针杂交

         (2)Binding Buffer,重悬SA Beads

         (3)Wash Buffer 1,磁珠活化和热清洗

         (4)Wash Buffer 2,室温清洗

       所有试剂盒组分均为工作液(1x),可直接使用,无需稀释,操作简便。由于Wash Buffer 1体积较大(60 mL),实验前溶解较为耗时,该试剂盒已分装为3份,简化实验前的准备工作。

 

2.1 实验操作

        Hyb & Wash Kit v2 推荐4-16 h杂交,杂交完成后,文库-探针与SA Beads结合30分钟,再经过2次热清洗与1次室温清洗,杂交与清洗完成,进入 PCR 步骤。

性能表现介绍

 

3.1 基本QC表现

      使用NA12878和NA24694 gDNA标准品,采用三款不同大小的Gene Panel (650Kb、2.3Mb和42Mb) 对 Hyb & Wash Kit v2 和 v1 进行比较测试。

        结果显示,在不同大小的Gene Panel中,对于杂交与清洗试剂盒的关键参数-中靶率和均一性,v2与v1试剂盒表现相当,v2试剂盒表现更好的均一性(0.2X_MD、0.5X_MD和Fold80)。

        Clean_ratio、Map_ratio等基本参数两款试剂盒表现一致,由于v2试剂盒对低GC目标区域覆盖更佳,其GC_rate率略低于v1。

 

3.2 低频变异检测

        使用肿瘤 SNV gDNA 标准品Ⅱ (GW-OGTM006) 对Hyb & Wash Kit v2 的低频变异检测性能进行验证。GW-OGTM006 DNA标准品包含 EGFR、KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA、FGFR3、Her2、MET 等多个常见伴随诊断基因及位点,包含点突变、插入和缺失等多种变异类型。

        采用300 Kb Gene Panel对该标准品进行捕获,捕获数据显示,v1与v2试剂盒的基本捕获性能表现相当,v2的中靶率与均一性略优于v1。同时,v1与v2试剂盒均能对12个已知变异准确检出。

 

杂交时间推荐 4-16 h

        使用650Kb Gene Panel在测序~100X深度下,测试 Hyb & Wash Kit v2 不同杂交时间的表现。如下图所示,中靶率与均一性随杂交时间减少而降低;其中,0.2X_MD始终保持在较高水平,提示短时间杂交在小Panel的胚系变异检测时的应用。鉴于1-2h杂交对0.5X_MD的影响,我们推荐4-16h。伯科将持续开发性能更佳的短时间杂交试剂盒。